ไวรัสโควิด – 19 เป็นตัวการเพิ่มความเสี่ยงในการแข่งขันกีฬาโอลิมปิกที่โตเกียว แต่ในญี่ปุ่นยังคงมีภัยคุกคามอื่น ๆ ที่ร้ายแรงและคาดเดาไม่ได้นั่นก็คือภัยที่มาจากธรรมชาติ ประเทศญี่ปุ่นมักได้รับผลกระทบจากแผ่นดินไหว และพายุไต้ฝุ่นถล่ม และผู้เชี่ยวชาญก็มักออกมาเตือนว่าการเตรียมรับภัยพิบัติสำหรับเหตุการณ์สำคัญ ๆ เป็นเรื่องจำเป็นเช่นกัน สำหรับผู้จัดงานมาตรการการติดเชื้อถือเป็นความท้าทายเร่งด่วน แต่ความเสี่ยงของแผ่นดินไหวครั้งใหญ่ก็อันตราย ในการแข่งขันกีฬาโอลิมปิกที่ญี่ปุ่นเป็นเจ้าภาพ ประเทศญี่ปุ่นตั้งอยู่บนวงแหวนแห่งไฟของมหาสมุทรแปซิฟิก ซึ่งเป็นแนวโค้งของการเกิดแผ่นดินไหวที่รุนแรง จนถึงขนาดแผ่ขยายไปทั่วเอเชียตะวันออกเฉียงใต้และทั่วลุ่มน้ำแปซิฟิก อีกทั้งยังอุดมไปด้วยภูเขาไฟที่ยังคุกรุ่นอยู่จำนวนมาก และมักโดนพายุไต้ฝุ่นถล่มเป็นประจำในฤดูกาลที่เริ่มตั้งแต่ช่วงเดือนพฤษภาคมถึงตุลาคม โดยมีจุดสูงสุดในเดือนสิงหาคมและกันยายน
ทำให้โตเกียว 2020 มีแผนฉุกเฉินสำหรับการจัดการภัยธรรมชาติต่าง ๆ และมีการจัดลำดับความสำคัญด้านความปลอดภัยของผู้ชมและผู้คนที่เกี่ยวข้องเสริมเข้ามาด้วย
