น้ำแข็งขั้วโลกละลายอย่างต่อเนื่อง ระดับน้ำทะเลที่สูงขึ้นจะกลืนเกาะต่าง ๆ ในหมู่เกาะชาวอินโดนีเซีย อินโดนีเซียควรแสดงความกังวลเกี่ยวกับผลกระทบของการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศบนเกาะเล็ก ๆ มากขึ้น ระดับน้ำทะเลสูงขึ้นประมาณ 21 ถึง 24 ซม. ทั่วโลกตั้งแต่ระดับก่อนยุคอุตสาหกรรม อันเป็นผลมาจากการละลายของน้ำแข็งในแถบอาร์กติกและแอนตาร์กติก การศึกษาเมื่อเร็ว ๆ นี้ โดยสำนักงานวิจัยและนวัตกรรมแห่งชาติของอินโดนีเซีย (BRIN) ประเมินว่าอย่างน้อย 115 เกาะเล็ก ๆ ของอินโดนีเซียกำลังจะจม เนื่องจากระดับน้ำทะเลที่สูงขึ้นและการทรุดตัวของดิน ภัยคุกคามนี้กำลังปรากฏให้เห็น พบว่าระดับน้ำทะเลที่สูงขึ้นได้จมบางส่วนของเกาะเล็ก ๆ หากไม่มีความพยายามในการบรรเทาผลกระทบเชิงรุก ระดับน้ำทะเลที่สูงขึ้นและการทรุดตัวของแผ่นดินอย่างรวดเร็วเนื่องจากการสกัดน้ำใต้ดินมากเกินไป ทำให้จาการ์ตาจมลงโดยเฉลี่ย 10 เซนติเมตร (4 นิ้ว) ต่อปี
เกาะ Berhala ซึ่งตั้งอยู่ทางตะวันออกของช่องแคบมะละกาในจังหวัด Riau มีแนวโน้มน้ำทะเลท่วมสูงขึ้น (ประมาณ 3.46 มม. ต่อปี) เช่นเดียวกับเกาะ Nipah ซึ่งอยู่ใกล้กับสิงคโปร์ซึ่งมีการเพิ่มขึ้น 3.48 มม. ต่อปี
