เมื่อวันที่ 26 สิงหาคม 2564 กระทรวงสาธารณสุข แรงงาน และสวัสดิการของญี่ปุ่น ได้ระงับการใช้วัคซีนของบริษัทโมเดอร์นาของ 3 ล็อตล่าสุด จำนวนทั้งสิ้น 1.65 ล้านโดส เนื่องจากตรวจพบการปนเปื้อนในวัคซีนบางขวด จากการตรวจสอบทั้ง 3 ล็อตพบว่าได้มีการปนเปื้อนทั้งสิ้น 390 โดส เพื่อความปลอดภัยจึงต้องระงับการใช้งานวัคซีนของบริษัทโมเดอร์นาออกไปก่อน แล้วจึงทำการตรวจสอบหาข้อเท็จจริงต่อไป
บริษัททาเกดะ ฟาร์มาซูติคัล ผู้จำหน่ายวัคซีนในประเทศญี่ปุ่น รายงานการปนเปื้อนของวัคซีนบริษัทโมเดอร์นาว่าอยู่ในระดับอนุภาค จึงต้องเร่งตรวจสอบวัคซีนทั้งหมดรวดเร็ว เพื่อป้องกันอันตรายที่อาจเกิดจากการปนเปื้อนของวัคซีนครั้งนี้ด้วยความระมัดระวัง ส่วนทางบริษัทโมเดอร์นาแจ้งว่า จากการตรวจสอบยังไม่พบผลกระทบใด ๆ ต่อความปลอดภัยของร่างกายและประสิทธิภาพของวัคซีน ทั้งนี้คาดว่าการปนเปื้อนในครั้งนี้อาจเกิดขึ้นตั้งแต่กระบวนการผลิตที่โรงงานในประเทศสเปน
ส่วนศูนย์การฉีดวัคซีนทั้ง 7 แห่งในประเทศญี่ปุ่น รายงานผลการปนเปื้อนทั้งหมดมากถึง 39 ขวด หรือ 390 โดส อีกทั้งยังงดการฉีดวัคซีนโมเดอร์นาไปก่อน ทั้งนี้ยังคงมีการฉีดวัคซีนไฟเซอร์ และแอสตร้าเซนเนก้า ต่อไป เพื่อเร่งฉีดวัคซีนให้ประชาชนชาวญี่ปุ่นให้ได้รับเข็มแรกเพิ่มมากขึ้น สำหรับในปัจจุบันได้มีประชาชนในญี่ปุ่นฉีดวัคซีนป้องกันเชื้อโควิด-19 เข็มแรกแล้วประมาณ 50%
