นิพนธ์ ถูกดำเนินคดีในศาลอาญาฐานทุจริตและประพฤติมิชอบ ในข้อหา ทุจริตต่อหน้าที่ ไม่ยอมจ่ายเงินจำนวน 52 ล้านบาท ให้กับบริษัท พรวิชญ์ เทค พลัส เพื่อซื้อรถบรรทุกเอนกประสงค์ จำนวน 2 คัน ขณะที่ดำรงตำแหน่งประธานบริษัท องค์การบริหารส่วนจังหวัดสงขลา (อบจ.) ในปี 2556
นิพนธ์ รายงานตัวต่อศาลเมื่อเช้านี้เพื่อรับทราบข้อกล่าวหา ซึ่งยื่นฟ้องโดยคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) ก่อนประกาศลาออกทางเฟซบุ๊ก “ตอนนี้คดีเข้าสู่กระบวนการพิจารณาคดีแล้ว ข้าพเจ้ามิได้มีเจตนาจะใช้ตำแหน่งรัฐมนตรีและเวลาของรัฐบาลมาต่อสู้คดีแต่อย่างใด ข้าพเจ้าจึงได้ทำหนังสือกราบนายกรัฐมนตรี ขอลาออกจากตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย ตั้งแต่วันที่ 5 กันยายน พ.ศ. 2565 เป็นต้นไป”
นิพนธ์ อธิบายทั้งข้อเท็จจริงและข้อกฎหมายว่าทำไมไม่ยอมอนุมัติเงิน 52 ล้านบาท ให้บริษัท พรวิชญ์ เทค พลัส ซึ่งชนะการประมูลจัดหารถบรรทุกให้ อบจ.สงขลา จำนวน 2 คัน “ข้าพเจ้าได้ชี้แจงข้อเท็จจริงและกฎหมายทั้งหมดว่าเหตุใดจึงไม่สามารถอนุมัติการชำระเงินให้แก่ผู้ชนะการประมูลเพื่อซื้อรถเพื่อการซ่อมบำรุงขององค์การบริหารส่วนจังหวัดสงขลาได้ โดยคู่แข่งได้ปลอมแปลงเอกสารและทำการประมูลจนสร้างความเสียหายแก่องค์การบริหารส่วนจังหวัดสงขลา”
