พายุโซนร้อนพัดถล่มทางตอนเหนือของญี่ปุ่น แต่ไม่มีรายงานความเสียหายในทันที และการแข่งขันฟุตบอลโอลิมปิกในภูมิภาคมีกำหนดจะดำเนินต่อไป เจ้าหน้าที่ท้องถิ่นได้ออกคำสั่งอพยพและจัดตั้งที่พักพิงฉุกเฉิน พบพายุโซนร้อนเนพาร์ตักขึ้นฝั่งในเขตมิยางิทางเหนือของญี่ปุ่นก่อนเวลา 06.00 น. สำนักงานอุตุนิยมวิทยาญี่ปุ่น รายงานว่าพายุกำลังพัดผ่านทางใต้ของเมืองโมริโอกะ ในจังหวัดอิวาเตะ ทำ มิยางิเป็นเจ้าภาพจัดการแข่งขันฟุตบอลโอลิมปิก ฝนตกหนักทำให้บางเมืองในอิวาเตะออกคำเตือนเรื่องดินถล่ม และบริการรถไฟท้องถิ่นจำนวนหนึ่งถูกระงับ พายุคาดว่าจะอ่อนลงเมื่อเคลื่อนตัวไปทางตะวันตกเฉียงเหนือและออกสู่ทะเลญี่ปุ่นในช่วงเย็น ระบบสภาพอากาศได้นำลมและฝนมาสู่บางส่วนของชายฝั่งตะวันออกของญี่ปุ่นทำให้การแข่งขันไตรกีฬาหญิงในกรุงโตเกียวเผชิญกับสภาวะที่ท้าทาย ผู้จัดงานได้กำหนดตารางการแข่งขันพายเรือและยิงธนูบางส่วนเนื่องจากความกังวลเกี่ยวกับลมแรง และนำการแข่งขันโต้คลื่นรอบสุดท้ายของการแข่งขันเพื่อใช้ประโยชน์จากคลื่น
ฤดูพายุไต้ฝุ่นของญี่ปุ่นเริ่มตั้งแต่ประมาณเดือนพฤษภาคมถึงตุลาคม โดยสูงสุดในเดือนสิงหาคมและกันยายน ในปี 2019 ไต้ฝุ่นฮากิบิสถล่มญี่ปุ่นขณะเป็นเจ้าภาพการแข่งขัน คร่าชีวิตผู้คนไปมากกว่า 100 คน
